肛门是肛管的下口，没有具体的长度，所以通常指的是肛管长度，肛管上端连于直肠、下端终于肛门，一般长3-4厘米。肛管平时处于关闭状态，有控制排便的作用，是肛裂、痔、肛周脓肿、肛瘘的发病区域。
肛管上起于齿状线，下止于肛门缘，表面覆盖皮肤，外周包绕肛门内括约肌、外括约肌和肛提肌。内括约肌为平滑肌，环绕肛管上3/4，有协助排便的功能，但无括约肛门的作用。外括约肌为骨骼肌，围绕整个肛管，分为皮下部、浅部、深部，受意识支配，有控制排便的功能。肛门内括约肌、外括约肌的浅部和深部、直肠下段的纵行肌肉以及肛提肌，共同构成肛管直肠环，如果手术中损伤，将导致肛门失禁。
肛管前壁比后壁长，便秘的患者容易在后壁形成肛裂。齿线下方为光滑的痔区，深层存在静脉丛，呈浅蓝色，由于静脉曲张或者肛垫下移，为内痔发病的区域。在齿线处存在肛腺，如果合并大肠杆菌及混合菌感染，则容易形成肛周脓肿。如果肛周脓肿未彻底根治，长期反复发作，就容易形成肛瘘。